ckeditor 3 ruins block tag display, adds breaks and tabs

   enterMode : CKEDITOR.ENTER_BR

CKEDITOR.editorConfig = function( config )
{
    config.enterMode = 2;
};

This is a feature in the editor regarding the output formatting for readability, and it's customizable.

To customize it, pass dataProcessor rules when creating an editor instance:

CKEDITOR.replace( 'editor1',
   {
      on :
      {
         instanceReady : function( ev )
         {
            this.dataProcessor.writer.setRules( 'p',
               {
                  indent : false,
                  breakBeforeOpen : true,
                  breakAfterOpen : false,
                  breakBeforeClose : false,
                  breakAfterClose : true
               });
         }
      }
   });

CKEDITOR.on('instanceReady', function(ev)
    {
        var tags = ['p', 'ol', 'ul', 'li']; // etc.

        for (var key in tags) {
            ev.editor.dataProcessor.writer.setRules(tags[key],
                {
                    indent : false,
                    breakBeforeOpen : true,
                    breakAfterOpen : false,
                    breakBeforeClose : false,
                    breakAfterClose : true
                });
        }
    });